В начале октября Франция и Германия выпустили совместное заявление, в котором заявили, что неоднократно просили Россию расследовать дело Навального, но Москва не представила никаких «убедительных объяснений». Страны пришли к выводу, что другого правдоподобного объяснения, кроме причастности России, нет.
Исходя из этого, Париж и Берлин решили «поделиться с европейскими партнерами предложениями о дополнительных санкциях», говорилось в заявлении.
В середине октября ЕС ввел санкции против шести физлиц и Научно-исследовательского института органической химии и технологии из-за отравления Навального. Под ограничения в том числе попали директор ФСБ Александр Бортников, первый замглавы президентской администрации Сергей Кириенко, начальник управления администрации президента России по внутренней политике Андрей Ярин.
Тем, кто попал в список, запрещен въезд в страны ЕС, а также транзит, их активы в Евросоюзе замораживаются, а гражданам ЕС нельзя предоставлять им экономические ресурсы.
В Кремле санкции ЕС расценили как «сознательный недружественный шаг». Пресс-секретарь президента России Дмитрий Песков заявил, что таким образом Евросоюз нанес вред отношениям с Россией. По мнению Пескова, в решении о введении санкций не было логики.
Самочувствие Навального резко ухудшилось во время перелета из Томска в Москву 20 августа. Лайнер экстренно посадили в Омске, а политика госпитализировали. Через два дня его перевезли на лечение в Берлин.
В начале сентября ФРГ заявила, что в организме оппозиционера нашли отравляющее вещество из группы «Новичок».
Россия неоднократно опровергала причастность к отравлению Навального. В частности, омские врачи не нашли следов ядов в организме пациента. Позже на это ссылался и Кремль. Также Генпрокуратура запросила у немецкой стороны данные анализов Навального и информацию о его лечении, однако Берлин пока не ответил.
В конце сентября Навального выписали из немецкой клиники.