Спустя год после начала проверки оперативники МВД пришли в РАО с обыском; после оперативных мероприятий и допроса Федотов был задержан и арестован. Следствие считало, что ЗАО «СЭК» было изначально создано в мошеннических целях и что Федотов ввел в заблуждение относительно его назначения авторский совет РАО — управляющий орган, куда входили в том числе композиторы и артисты Юрий Антонов, Игорь Матвиенко, Дмитрий Маликов и Валерий Сюткин.

Адвокат Федотова Денис Балуев тогда полагал, что следствие сочло мошенничеством «абсолютно законное действие» по учреждению дочерней структуры для управления недвижимостью общества и ее реализации. А средства, вырученные после продажи объектов РАО, были потрачены в соответствии с законом и уставом РАО — на создание электронной системы, которая обеспечила бы прозрачность распределения отчислений между авторами.

РАО — некоммерческая организация, которая собирает в пользу авторов (композиторов и поэтов-песенников) отчисления с телеканалов, радиостанций, кафе и любых общественных заведений, где звучат музыкальные произведения. За свои услуги организация взимает от 10 до 35% от суммы авторских вознаграждений в зависимости от того, где исполнялось или тиражировалось произведение. В 2008 году общество получило соответствующую государственную аккредитацию.

Сергей Федотов — давний деловой партнер режиссера Никиты Михалкова; до ареста он возглавлял еще одну аналогичную авторскую организацию (Российский союз правообладателей), соучредителями которой являлись Михалков и возглавляемый им Союз кинематографистов России. Михалков — крестный отец сына Федотова, названного в честь режиссера.

Михалков выступал за смягчение меры пресечения Федотову. «Я совершенно уверен, что в первую очередь сам Сергей Сергеевич Федотов заинтересован в том, чтобы были расставлены все точки над i и правда восторжествовала», — комментировал режиссер. Он также отметил, что за время совместной работы по созданию системы защиты авторских прав он смог увидеть в Федотове «блестящего профессионала, глубокого аналитика и специалиста в отраслевых вопросах». При этом он не исключал, что «в недрах такой большой компании, как РАО, вольно или невольно могли быть совершены те или иные нарушения разной степени тяжести».

В апреле этого года новое руководство РАО рассказало об итогах аудита, проведенного после возбуждения дела. Проверка показала, что в 2014–2015 годах 63% платежей организации на общую сумму 211 млн руб. были сомнительными. Все это время выплаты авторам сокращались, а расходы на содержание РАО росли, отчитывалось руководство организации.