Агентом чешских спецслужб, который общался с Сафроновым, ФСБ считает его знакомого, бывшего собкорра газеты Lidové noviny в Москве Мартина Лариша, рассказывал сам журналист в письменном интервью «Коммерсанту». В 2017 году Лариш, который был с Сафроновым в приятельских отношениях, создал в Праге собственный проект — Информационное агентство анализа и профилактики безопасности. «Идея была проста: организация рассылки среди подписчиков дайджеста СМИ и аналитических материалов на платной основе. Такое информационное агентство, потребителями информации которого являются другие СМИ. Похожие ресурсы были и есть и в России, например «Перископ.2», Центр анализа стратегий и технологий, Центр анализа мировой торговли оружием. Он попросил о помощи в раскрутке бизнес-идеи, и я согласился, поскольку от основной работы это меня никак не отвлекало. Я писал для него не более одного-двух материалов в месяц. Темы базировались на актуальной, публично обсуждавшейся в тот период времени информации», — рассказал Сафронов.
«Я готовил для Мартина дайджесты в период 2017–2019 годов. Последний текст отправил ему в 2019 году, в августе или сентябре», — пояснил журналист. Он добавил, что с Ларишем работали и другие журналисты, кроме того, это сотрудничество не принесло ему никакого дохода. На его компьютере следствие нашло программу шифрования VeraCrypt; ее использование Сафронов назвал обычной для журналистов практикой.
Сафронов выразил уверенность, что Лариш не мог быть разведчиком. Чех опровергал свою причастность к деятельности спецслужб и заявлял, что общался с Сафроновым как друг и коллега.
Следствие не конкретизирует, передачу какой именно информации Ларишу оно считает преступным, утверждает защита Сафронова. ФСБ предлагала журналисту в рамках досудебного соглашения выдать свои источники; в рамках дела следствие назначило экспертизу всех заметок Сафронова, при этом оно настаивает, что его преследование не связано с его журналистской деятельностью, говорил Павлов. Ранее у спецслужб возникали вопросы к Сафронову из-за материала о поставках истребителей Су-35 в Египет, Федеральная служба по военно-техническому сотрудничеству (ФСВТС) из-за этой статьи подавала к «Коммерсанту» иск о разглашении гостайны.
Президенту Владимиру Путину по меньшей мере дважды публично задавали вопросы о деле Ивана Сафронова. Комментируя его впервые на встрече с членами СПЧ, президент выразил уверенность, что обвинение связано не с журналистской деятельностью Сафронова, а с периодом его работы в «Роскосмосе». Пресс-секретарь главы государства Дмитрий Песков затем назвал это оговоркой. Спустя неделю во время большой пресс-конференции Путин, говоря о Сафронове, назвал предательство «самым большим грехом», сослался на данные следствия, что журналист «сознательно собирал и передавал» информацию, но допустил, что Сафронов «мог оступиться».
Глава «Роскосмоса» Дмитрий Рогозин в октябре в интервью ТАСС говорил, что не будет увольнять Сафронова по меньшей мере до приговора. Он заявил, что много лет знает его «как порядочного человека и профессионального журналиста» и надеется на оправдание. Рогозин упомянул, что при найме в «Роскосмос» Сафронов прошел все необходимые проверки, и добавил, что с уважением относится к работе органов госбезопасности, но исходит из принципа презумпции невиновности.
