Как следует из оглашенных в суде документов, работая следователем в Юго-Западной транспортной прокуратуре, в 2003 году он получил выговор за незаконное прекращение четырех уголовных дел. В апреле 2004 года служебная проверка пришла к выводу, что Крамаренко и надзиравшие за его работой два прокурора подлежат «строгой дисциплинарной ответственности», но наказать их не смогла, потому что все трое за несколько недель до этого уволились.
«Расследование уголовных дел о преступлениях в таможенной сфере проводил ненадлежащим образом, принимая по ним непроцессуальные решения», — сказано в документах, попавших в его личное дело. В частности, в 2001 году Крамаренко необоснованно, не исследовав всех обстоятельств, прекратил уголовное дело о должностных преступлениях работников Подольской таможни. В 2003 году он закрыл дело против сотрудников Центральной акцизной таможни за отсутствием состава преступления, не проведя ни одного следственного действия. Тогда же он прекратил преследование обвиняемых в контрабанде, хотя доказательства против них были. Все эти решения были отменены, дела возобновлены и поручены другим следователям, сказано в документах.
В сентябре 2003 года в СКП «поступило заявление гражданина Толоконникова о том, что Крамаренко получал взятки за прекращение дел в отношении работников таможенных органов и допускал иные противоправные действия», сказано в материалах. По результатам проверки уголовное дело в отношении следователя возбуждать не стали. Итог проверки в отношении следователя обжаловал депутат Госдумы Сергей Чижов: по его мнению, из-за того что сослуживцы Крамаренко крайне выборочно проверили его дела, «реальная картина грубейших нарушений, допущенных Крамаренко, была скрыта от генпрокурора».
Психологическое обследование отнесло Крамаренко ко «второй группе профпригодности»: эксперты пришли к выводу, что он «в основном отвечает требованиям», предъявляемым к прокурорам и следователям. У него выявили такие качества личности, как «настойчивость, обязательность, высокое чувство долга, дисциплинированность», но вместе с тем «доверчивость, эмоциональную переключаемость без глубины переживаний, стремление избежать любых ограничений, стесняющих свободу дальнейшего роста», а также «ненадежность, рассеянность, подозрительность, эмоциональную неустойчивость, импульсивность, небрежность и упрямство».
С 2009 года Крамаренко возглавлял следственный отдел Сочи, затем перевелся в Москву, на должность начальника следственного управления по ЦАО. В этот период он часто получал взыскания от главы ГСУ СКР по Москве Александра Дрыманова и лишался премии по итогам почти каждого полугодия, следует из материалов, которые зачитала прокурор Дигаева.
Когда Дигаева закончила читать материалы, второй гособвинитель, Игорь Потапов, задал Дрыманову вопрос: «Если вы регулярно налагали взыскания на Крамаренко, почему вы приняли решение поручить такое резонансное дело, как дело о перестрелке на Рочдельской улице, его управлению?» «Это абсолютно обычная практика. Если вы поднимете личные дела других руководителей, вы увидите еще худшую картину», — заявил Дрыманов.
«Крамаренко работал в транспортной прокуратуре. Он расследовал в том числе дела о перемещении крупных грузов; это область, связанная с огромными коммерческими интересами. Когда такой следователь возбуждает уголовное дело, арестовывает какой-то груз — естественно, находятся люди, которые хотят ему помешать и поставить на его место того, с кем можно договариваться», — рассказала РБК адвокат Крамаренко Елена Федулова, пояснив, что в тот период сама работала в следственных органах вместе с Крамаренко.
По ее словам, заявление на Крамаренко от некоего «гражданина Толоконникова», как выяснилось при проверке, было написано от имени человека, умершего за полгода до подачи этого заявления. А увольнение Крамаренко в 2004 году было частью большого конфликта, в результате которого «в прокуратуре зачистили всю транспортную вертикаль», и Крамаренко был далеко не самым высокопоставленным офицером из тех, кто был вынужден уйти.
Задержания по делу о связях офицеров СКР с криминалитетом начались в июле 2016 года. По версии ФСБ, которая расследовала дело, высокопоставленные сотрудники СКР получили две взятки за освобождение из-под ареста криминального авторитета Андрея Кочуйкова (Итальянца), попавшего за решетку после перестрелки на Рочдельской улице в декабре 2015 года. После полугода ареста он вышел из СИЗО.
За свободу Кочуйкова Дрыманов, Крамаренко и бывший руководитель главного управления межведомственного взаимодействия и собственной безопасности СК Михаил Максименко получили $1 млн от девелопера Дмитрия Смычковского, настаивает гособвинение. Утверждается, что деньги были собраны окружением вора в законе Шакро Молодого, которого прокуратура ранее называла лидером российского криминального мира. Все трое не признают вину.
Еще $500 тыс. за Итальянца заплатил основатель сети ресторанов «Якитория» Олег Шейхаметов, считали в ФСБ, которые поделили между собой Максименко, его подчиненные Александр Ламонов и Денис Богородецкий, бывший сотрудник МВД Евгений Суржиков. Этот эпизод уже был рассмотрен судом: Максименко и признавший вину Ламонов получили 13 и пять лет соответственно, а другие два офицера в связи с деятельным раскаянием избежали наказания.
