Цукерберг поможет учёным из Петербурга, «расшифровавшим» COVID
Биоинформатики из Центра алгоритмической биотехнологии СПбГУ (ЦАБ) получили грант от Фонда Марка Цукерберга на развитие своих проектов SPAdes и QUAST. Как сообщает пресс-служба университета, петербургские специалисты стали первыми российскими учёными, получившими этот грант. Деньги будут направлены на поддержку программ с открытым исходным кодом (open source), необходимых для биомедицинских исследований.
Работа с геномами
Программа SPAdes (Saint Petersburg Assembler) восстанавливает полную первичную структуру геномной ДНК, то есть фактически расшифровывает генетический код. Как сообщают в пресс-службе СПбГУ, она используется тысячами специалистов в области геномики по всему миру. В пандемию команда ЦАБ разработала несколько новых модулей SPAdes. Это metaviralSPAdes для поиска геномов вирусов в сложных природных сообществах (благодаря чему недавно было найдено 600 новых вирусов) и coronaSPAdes, который учитывает уникальные особенности строения геномов коронавирусов и данных их секвенирования. Разработки 2020 года позволили ученым быстрее и удобнее «работать» с геномом COVID-19, отличным от геномов других коронавирусов, и эффективно следить за возникающими в нем мутациями. Прогресс сборщиков геномов ЦАБ способствует более тщательному анализу геномов вирусов и тем самым — созданию новых и совершенствованию существующих тест-систем и вакцин.
Вторая программа ЦАБа — QUAST (Quality Assessment Tool) — определяет качество геномных сборок. Как поясняют в СПбГУ, две программы SPAdes и QUAST связаны логикой геномного проекта: оценка качества данных — сборка данных — оценка качества сборки — научный анализ.
Некоммерческое использование
В разговоре с РБК Петербург заместитель директора Центра алгоритмической биотехнологии Института трансляционной биомедицины СПбГУ Алла Лапидус отметила, что все программы ЦАБа имеют открытый исходный код, что открывает доступ к ним всем желающим. При этом для работы программ их необходимо технически поддерживать, однако компаниям невыгодно финансировать эту поддержку — заработать на использовании открытых кодов невозможно.
«Техническая поддержка проекта на данном этапе идёт практически на голом энтузиазме сотрудников ЦАБа. Полученный грант пойдёт на техническую поддержку программ», — сказала Лапидус. По её словам, сумма гранта составляет около 150 тыс. долларов. Точная сумма гранта будет известна после подписания соглашения.
Справка
«Инициатива Чан — Цукерберга» (Chan Zuckerberg Initiative) — благотворительный фонд создателя Facebook Марка Цукерберга и его супруги Присциллы Чан, основанный в 2015 году. Его целью является помощь в решении сложных социальных проблем, среди которых искоренение болезней и повышение качества образования.
Лаборатория «Центр алгоритмической биотехнологии» была создана в СПбГУ в конце 2014 года для решения важнейших вычислительных задач современной биомедицины. В 2020 году команда ЦАБа была отмечена проектом РБК Петербург «Герой Года» за создание в кратчайшие сроки ряда важных программ для расшифровки геномов вирусов.
Читайте РБК в Telegram! Самые важные новости, только проверенная информация.
Экспертиза выявила изменение психического состояния Долиной при сделке
Де Вевер исключил использование активов России без выполнения условий Бельгии
Мосгорсуд отклонил жалобу защиты Чекалиных на продление домашнего ареста
Барщевский объявил об уходе с поста полпреда правительства в КС
Wildberries проработает запуск собственного онлайн-кинотеатра
Трамп назвал цели США в отношении Венесуэлы
