Второй раз «Кировлес» обратился в суд с иском после того, как вступил в законную силу повторный приговор Навальному и Офицерову по делу об организации растраты. Следствие и затем гособвинение считали, что 16,2 млн руб., которые «Кировлес» недополучил за древесину, были похищены «в пользу третьих лиц». Оппозиционер получил за хищение пять лет условно, а бизнесмен за пособничество — четыре года условно. Опалев был осужден отдельно, поскольку признал вину и заключил сделку со следствием; именно его показания легли в основу преследования Навального и Офицерова. Он тоже получил четыре года условно.

Защита политика и бизнесмена настаивала, что невыгодность сделки «Кировлеса» с ВЛК не означает ее преступности, а упущенная выгода не является признаком хищения. Сам Навальный убежден, что материалы дела доказывают его невиновность, а Опалев дал показания, чтобы оговорить его, поскольку ранее между ними возник конфликт: будучи советником губернатора, Навальный критиковал действия руководства «Кировлеса» и настаивал на аудиторской проверке предприятия.

Навального и Офицерова дважды судили по «делу «Кировлеса». Первый приговор был вынесен в июле 2013 года, он предусматривал для осужденных реальные тюремные сроки. Под стражей они пробыли один день: прокуратура тогда опротестовала применение к фигурантам дела ареста до решения по их апелляционной жалобе; вторая инстанция же заменила им сроки на условные.

Этот приговор оппозиционер обжаловал в Европейском суде по правам человека (ЕСПЧ). Страсбург признал решение суда незаконным. За нарушение права на справедливое разбирательство ЕСЧП присудил Навальному компенсацию в €56 тыс., а Офицерову — в €8 тыс. По мнению судей Страсбурга, в случае с Навальным и Офицеровым «российские власти значительно вышли за рамки привычного толкования норм законодательства». Дело Опалева было выделено в отдельное производство необоснованно, а к его показаниям следствие и суд отнеслись некритически; в итоге фигурантов дела судили за «действия, неотличимые от обычной предпринимательской деятельности», говорилось в решении ЕСПЧ.

Также судьи указали на связь между антикоррупционными публикациями Навального и действиями Следственного комитета по делу: расследование по «Кировлесу» было возобновлено по прямому указанию главы СКР Александра Бастрыкина, после того, как Навальный нашел у него вид на жительство и бизнес в Чехии.

После решения ЕСПЧ в конце 2016 года Верховный суд отменил приговор и отправил дело на новое рассмотрение. Навальный счел, что Россия таким образом де-факто отказалась выполнять решение ЕСПЧ: Верховный суд, по мнению политика, должен был его оправдать. В итоге второй приговор буквально повторял первый, указывал оппозиционер во время его оглашения.