Новым главой РосОЭЗ стал Михаил Мишустин
М.Мишустин родился 3 марта 1966г. в Москве. В 1989г. окончил Московский станкоинструментальный институт (СТАНКИН) по специальности "Системы автоматизированного проектирования". В 1992-1998гг. - директор тестовой лаборатории, заместитель генерального директора, председатель правления Международного компьютерного клуба. В 1998-2004гг. - заместитель министра РФ по налогам и сборам. В марте 2004г. назначен руководителем Роснедвижимости.
Прежний руководитель РосОЭЗ Юрий Жданов был освобожден от должности распоряжением правительства от 12 сентября 2006 года. Его отставку в пресс-службе агентства объяснили тем, что Ю.Жданов был приглашен на создание проекта ОЭЗ. Теперь, когда первые особые экономические зоны заработали, он перешел на другую работу. Сейчас Ю.Жданов является представителем Торгово-экономической палаты в Гамбурге.
Пресс-служба РосОЭЗ при этом опровергла информацию некоторых СМИ о том, что отставка Ю.Жданова была связана с делом о контрабанде мебели торговым центром "Три кита".